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噬菌体展示肽库相关问题

一、噬菌体展示技术中的pIII和pVIII蛋白质有什么不同的功能和用途?

答:

pIII和pVIII蛋白质在噬菌体展示技术中起到了不同的作用。pIII蛋白质是噬菌体表面的次要外壳蛋白,主要用于展示外源蛋白和肽段。其表面易于访问,因此适合用于展示目标受体的配体、酶阻断剂、蛋白质/DNA-蛋白质相互作用的研究、筛选cDNA表达、抗体表位映射、工程化人源抗体等。pVIII蛋白质是噬菌体表面的主要外壳蛋白,也可以用于展示外源蛋白和肽段。然而,与pIII相比,pVIII蛋白质的表面可供展示的肽段长度较短,只能容纳短肽段(<10个氨基酸残基)。此外,pVIII蛋白质的展示会导致多价结合效应,使得与pVIII展示库选择的蛋白质或肽段与目标的亲和力较低。因此,pIII和pVIII在噬菌体展示技术中具有不同的功能和用途。

 

二、噬菌体展示技术和其他技术相比的优势和局限性是什么?

答:

优势:1.噬菌体展示技术可以构建高度多样化的噬菌体库,使得快速分离和鉴定特定蛋白配体成为可能。2.简单、经济、快速:噬菌体展示技术相对于传统的随机筛选方法更简单、经济和快速。通过标准的分子生物学方法,可以快速生成大量表达在噬菌体表面的外源肽或蛋白。3.结构分析:通过噬菌体展示技术筛选出的配体可以进行结构分析,从而更详细地了解配体与靶标的相互作用,为下一步的药物研发和流程开发提供更多信息。

局限性:1.噬菌体展示技术是一种基于细胞的方法,受到DNA转化效率和展示分子对宿主细胞的毒性的限制。2.库大小限制:由于DNA转化效率的限制,噬菌体展示技术的库大小受到限制。3.展示分子的大小和性质:噬菌体展示技术对展示分子的大小和性质有一定的限制,不同大小和性质的蛋白/肽可能需要使用不同类型的噬菌体进行展示。

 

三、体内筛选和体外筛选的步骤分别是什么?

答:

生物筛选是最常用的体外筛选方法,用于鉴定和分离结合目标的配体。生物筛选涉及以下步骤:(1)目标固定化:将感兴趣的纯化目标固定在板上,也可以在贴壁的细胞上进行(所需的靶标如细胞表面受体);(2)噬菌体结合:添加噬菌体文库,在适合结合的条件下与靶标结合;(3)洗涤:将为结合的噬菌体去除;(4)噬菌体洗脱:由于丝状噬菌体的高稳定性,可以采用多种方法对结合的噬菌体进行洗脱。回收结合噬菌体的常用方法是通过改变pH或添加竞争配体、变性剂或蛋白酶来破坏所展示的配体与靶标之间的相互作用(例如,在N端所展示的蛋白质/肽和外壳蛋白本身之间涉及了蛋白酶裂解位点);(5)增加严格性:然后将洗脱的噬菌体在细菌细胞中扩增,并重复进行几轮生物筛选(通常为3-5轮)。这往往会选择出对感兴趣的标靶具有低亲和力/非特异性结合的噬菌体;(6)利用DNA测序鉴定靶肽序列。

体内筛选可用于鉴定能够归巢到特定组织或器官的适配体配体。例如:可以将噬菌体静脉注射到动物体内,并让其循环一段时间。然后从选择的器官中回收噬菌体,进行扩增,并对其进行DNA测序。通过这种方法,“非特异性”噬菌体倾向于分布在整个动物体内,而具有更多“选择性”靶配体的噬菌体则聚集在特定组织中。噬菌体衍生的配体对器官或组织具有特异性,通过将噬菌体与药物偶联或将噬菌体组装在含药物的纳米颗粒上,可能被用作诊断工具或疾病治疗方法。

 

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